Os toxicologistas afirmam que todas as substâncias podem ser tóxicas conforme a dosagem utilizada. Eles atentam para o fato de que até mesmo a água 100% pura pode ser tóxica quando consumida em certas quantidades e que disfunções fisiológicas graves e morte já ocorreram como resultado da toxicidade pela água. Por isso, os toxicologistas classificam as substâncias, geralmente comparando as dosagens nocivas ou fatais à dosagem tipicamente ingerida. Existe uma escala contínua de toxicidade relativa e três níveis básicos que naturalmente surgem: substâncias que são essencialmente não tóxicas e que podem ser consumidas numa dosagem de pelo menos dez vezes a mais do que normalmente são ingeridas, sem nenhum efeito substancialmente nocivo; substâncias que são levemente tóxicas causarão reações adversas nesse nível e podem até mesmo ser fatais para algumas pessoas, mas são relativamente livres de efeitos adversos numa dosagem normal e até três vezes o limite normal de sua utilização; substâncias tóxicas têm um potencial de causar efeitos adversos mesmo no limite normal de uso e podem causar efeitos nocivos significativos ou fatais, se consumidas em quantidades pequenas de até três vezes a dosagem usual.

Dessa forma, a maioria dos alimentos são essencialmente não tóxicos, a maioria dos medicamentos de fácil acesso são levemente tóxicos e há muitas substâncias tóxicas bem conhecidas, que geralmente só são disponíveis por meio de prescrição, como por exemplo, os digitálicos. Há ainda substâncias altamente tóxicas, não indicadas em dosagem alguma, por exemplo: petroquímicos, cogumelos venenosos. Até mesmo pequenas quantidades dessas substâncias podem provocar danos substâncias ou morte.

A toxicidade potencial de uma substância pode ser influenciada pela saúde do paciente que a consome. Por exemplo, algumas doenças tornam a pessoa mais suscetível à ação tóxica de componentes herbáceos do que outras pessoas sadias. Isso, de fato, pode ocorrer quando o fígado ou o rim está acometido por algum processo patológico.

As substâncias em seu estado natural são, freqüentemente, mais tóxicas do que aquelas processadas ou cozidas. A erva mais freqüentemente usada na China e que causa reações tóxicas é o Acônito em estado natural. Essa substância é utilizada principalmente no tratamento para dores por artrite e como um tônico em situações de debilidade. Dependendo da espécie coletada e de sua preparação (o processo de cozimento prolongado reduz sua toxicidade), mesmo pouca quantidade, dois gramas (peso seco) podem produzir reações tóxicas ou até mesmo fatais. A erva Acônito processada utilizada na China e no Ocidente possui pouquíssima toxicidade devido a oxidação dos componentes ativos principais. Solicitações de fórmulas contendo 10 a 12 gramas de Acônito processada em decocção não são incomuns e não há relatos de produzirem efeitos tóxicos.

As frutas Ginkgo são utilizadas tanto como ervas medicinais para tratar asma quanto um item alimentar. Entretanto, há casos de crianças terem sido envenenadas ao comerem pequena quantidade da fruta em seu estado natural, a qual contém ginkgotoxin. Esta toxina é amplamente eliminada quando a substância é utilizada como alimento ou medicação através de processamento, secagem e oxidação.

As ervas Pinellia e Arisaema são altamente tóxicas em seu estado natural, porém quando processadas, elas perdem a maior parte de suas toxicidades. Na literatura tradicional chinesa, a erva Pinellia natural é contra-indicada durante a gravidez. Entretanto, a Pinellia processada é um componente comum em fórmulas para tratar náuseas e vômitos em gestantes. Um estudo com ratas grávidas demonstrou que a Pinellia natural e após decocção causavam sangramento vaginal e redução de peso nos fetos. Por outro lado a Pinellia processada, utilizada na mesma dosagem não produz esses efeitos adversos.

Poucas ervas tóxicas são utilizadas na medicina chinesa moderna a despeito de um pequeno número relativa de casos de reações tóxicas serem esperados ocorrer. A planta Trypterigium (leigongteng) utilizada como fonte de uma droga moderna possuindo propriedades quase idênticas aos corticosteróides, pode causar reações tóxicas significativas, mesmo no limite da dosagem normal. De fato, mel coletado de abelhas que visitam essa planta pode causar nefrite naqueles que o consomem. Estricnina é uma erva tóxica freqüentemente utilizada. Estudos recentes demonstraram que a erva Estricnina mesmo processada é tão tóxica quanto sua forma não processada, apesar da crença popular ser contrária. Em dosagens normais utilizadas na prática médica chinesa e no uso comum de acordo com o folclore, a erva Estricnina aparece como erva não nociva. Entretanto, a superdosagem é um acaso potencial se a pessoa não estiver familiarizada com as limitações de seu uso seguro. Outra erva, datura, utilizada como analgésico, pode causar distúrbios substanciais no sistema nervoso em doses pouco mais elevadas que o nível terapêutico.

Algumas espécies de uma planta são muito mais tóxicas que outras. A erva dioscorea (shanyao), utilizada como um tônico de Qi, possui pouquíssima toxicidade e é incluída entre os itens alimentares comuns na China. A erva huangyaozi, derivada da Dicoscorea bulbifera, é utilizada para dissolver flegmão e eliminar edema de tireóide. Tem sido relatado que ela pode causar hepatite tóxica, se utilizada regularmente por mais de um mês numa dosagem diária de 15 gramas. Seu limite normal de dosagem é de 3 a 12 gramas diários, embora até 30 gramas diários sejam utilizados em algumas terapias oncológicas. O conteúdo de terpenoides nessa é muito maior do que na erva utilizada como tônico. Não há relato de que a semente de cássia (juemingzi) cause efeitos tóxicos, embora seu conteúdo de emodina possa levar a fezes soltas ou causar diarréia. A semente da Cassia occidentalis (wanjiangnanzi) é freqüentemente utilizada como alimento para crianças malnutridas, porém ela pode causar envenenamento grave e morte se for tomada em quantidade abundante.

A maioria das ervas chinesas são essencialmente não tóxicas de acordo com estudos realizados no Brion Research Institute em Taiwan. Elas são utilizadas numa dosagem diária recomendada de 6 a 15 gramas (através de decocção) e de acordo com avaliações laboratoriais de suas toxicidades (com determinações em ratos e relacionadas a uma escala de medidas de peso do corpo humano). Essas ervas e as fórmulas feitas com elas não produzem toxicidade fatal. Isso só ocorreria quando se atingisse um excesso de 200 gramas ou mais de 10 vezes sua dosagem usual. Entretanto, algumas substâncias herbáceas comumente utilizadas são levemente tóxicas. A Semente de damasco contém ácido hidrociânico, o qual em dosagens elevadas pode causar envenenamento por cianureto. A combinação Ma-Huang e Semente de Damasco (que contém ervas levemente tóxicas como Ma-huang e alcaçuz) quando testadas em laboratório, demonstraram ser 2 vezes e meia mais tóxicas do que outras ervas e fórmulas chinesas típicas. Entretanto, elas são seguras em até 3 vezes o limite de dosagem usual para aplicações medicinais. A erva Melia contém todsendanin, uma toxina hepática. É recomendado o uso cauteloso em pacientes com doenças hepáticas, o que é um comentário importante, uma vez que, tradicionalmente, ela é recomendada para tratamento de dores na região hepática. A erva ásaro e ninho de vespa são levemente tóxicas para os rins. Em doses elevadas elas podem causar inflamação e altera a filtração pelos túbulos renais. Essa é uma preocupação básica que se deve ter com aqueles pacientes que já sofrem de doenças renais, mas uma razão para se evitar dosagens elevadas após um período longo, mesmo se outros benefícios terapêuticos foram conseguidos. Tem sido relatado que a erva capillaris derivada de (Artemísia capillaris) numa dose de 24 gramas (3 vezes mais do que a dose total diária em decocção) pode causar tontura, náusea, distensão abdominal e pirose. Outras espécies de Artemísia usadas comumente na China também podem causar essas reações se utilizados em dosagens elevadas. A erva Akebia se utilizada em mais de 60 gramas (4 vezes a dose diária total de decocção no tratamento de doenças agudas) pode causar insuficiência renal aguda. A cimicífuga (uma erva raramente utilizada sozinha ou em pequenas fórmulas e, por isso não é tomada, freqüentemente, em doses elevadas) pode causar reações tóxicas se usada em grandes quantidades. Isso pode ocorrer se a mesma for utilizada isoladamente.

Em muitos estudos clínicos chineses relatados em jornais médicos, decocções em dosagens muito elevadas (excessos de um total de 150 gramas para todas as ervas da fórmula) são utilizadas e, em alguns casos, ervas isoladas são utilizadas (em doses de 30 gramas diárias ou mais) contrariamente à prática tradicional, a fim de se tentar reproduzir o estilo das avaliações ocidentais de simples componentes em invés de misturas complexas. A dosagem elevada é empregada, em parte, para assegurar um máximo de resposta às ervas, dessa forma, uma resposta substancial pode ser demonstrada num estudo relativamente a curto prazo. Nesses níveis de dosagem, há alguns relatos de respostas tóxicas não específicas, como boca seca, náuseas e tonturas. Isso significa que a dosagem utilizada está se aproximando de níveis tóxicos e que a dosagem não tóxica essencial deveria ser, portanto, aproximadamente 1/3 dessa quantidade, ou 50 a 70 gramas para as misturas herbáceas na decocção. Esse é o nível recomendado para a maioria das decocções utilizadas pelos médicos ocidentais, mesmo se a eficácia for por isso, um pouco reduzida.

Podem ocorrer irritações do sistema gastrointestinal com uma ampla variedade de ervas e isto vai depender muito da sensibilidade individual daqueles que as consumirem. Vômitos, diarréias, náuseas, cólicas estomacais ou sensação de queimação podem ocorrer quase que com qualquer substância, mas especialmente com aquelas de sabor amargo e aquelas com conteúdo elevado de fragrantes ou óleos pesados. As reações gastrointestinais às ervas podem ser parte de um mecanismo protetor desenvolvido para o organismo se livrar de toxinas ingeridas. Mesmo que a substância herbácea não for tóxica, ela pode ter propriedades que alertam esse mecanismo de resposta a uma possível toxicidade e então se inicia a reação. Acredita-se que os vômitos e náuseas associados às fases iniciais da gravidez possam ser duas outras manifestações desse sistema de resposta, em que a reação ocorreria sem a introdução de uma toxina.

As reações adversas às ervas nem sempre são reações tóxicas e podem estar relacionadas tanto quanto a forma de administração como com os componentes herbáceos. As reações alérgicas às ervas chinesas são raras, entretanto muito mais comum que as reações tóxicas. As ervas quando injetadas possuem um potencial muito mais elevado para reações alérgicas. Uma descrição da reação ao taraxaco chinês (pugongying) ilustra a influência do método de administração. De acordo com um resumo relatado no Pharmacology e Applications of Chinese Materia Medica: "Em doses terapêuticas normais (30 a 60 gramas em decocção, existem poucos efeitos colaterais usando esta erva. A decocção apenas ocasionalmente causou sintomas gastrointestinais como náuseas, vômitos, desconforto abdominal e diarréia leve ... alguns pacientes apresentam pirose após tomarem comprimidos. O vinho preparado com a erva pode causar tonturas, náuseas, sudorese devido ao conteúdo alcoólico e em alguns pacientes urticária e em casos individuais urticárias complicados com conjuntivites ... a injeção administrada intramuscular pode causar dor local e a injeção intravenosa pode causar calafrios, palidez, cianose e sintomas mentais em pacientes." Cada uma dessas reações pode ser explicada pelos aspectos peculiares do método de administração. A maioria dos médicos ocidentais utilizariam uma dosagem menor, evitariam métodos injetáveis intramusculares ou intravenosas e limitariam a quantidade de álcool utilizada na preparação com a erva.